중복세무조사에 의한 과세처분을 취소한 사례

대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360

피고 소속 세무공무원은 원고의 사업장을 방문하여 거래명세표 등을 제출받고 9일간 직원들을 질문·조사한 다음, 2개월 후 다시 세무조사를 실시하여 과세처분을 하였습니다. 원고는 국세기본법상 중복조사는 금지되므로 이를 통해 부과된 이 사건의 과세처분을 취소해달라는 소송을 제기했습니다. 원심은 처음의 조사는 현장확인에 해당하고 이를 토대로 진행한 이후의 조사가 세무조사에 해당한다고 보아 원고의 청구를 기각하였으나 대법원의 판단을 달랐습니다.

대법원은 중복세무조사의 기준은 조사의 목적, 질문조사의 대상과 방법, 조사를 통해 획득한 자료 등을 종합적으로 고려해야 하는데, 조사행위가 사업장의 현황, 특정 매출사실 등의 단순 사실관계 확인에 그쳐 영업의 자유를 침해하지 않으면 중복세무조사로 보기 어렵지만, 실질 과세표준과 세액 결정을 위해 직접 당사자와 접촉하여 상당기간 질문·조사하는 경우는 중복세무조사로 보아야 하므로 이 사건에서는 처음 세무조사에서 포괄적인 질문조사권 등을 행사하여 매출사실에 대한 과세자료를 획득한 것이므로 이에 해당한다고 판시하였습니다.

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